既名為孔廟文化園區，孔廟自然是這個園區主角。台南孔廟歷史悠久，為台灣最早建立的孔廟，明朝永曆十九年（西元1665年），當時鄭成功之子鄭經，採納諮議參軍陳永華的建議，興建「先師聖廟」，旁置明倫堂，次年永曆二十年（西元1666年）建築完成，此即為現在台南孔廟的前身。時至清代，台南孔廟在康熙年間幾次翻修增建，至乾隆年間（西元1777年）整體建築規模趨於完整，孔廟四條南北軸線形成，由西而東分別是學署（海東書院）、大成殿、明倫堂與朱子祠。

　　古代這一區稱為「檨仔林」。何以擇此地興建孔廟？身處西元2007年的我們無法得知三百多年前先人的考量。但是，孔廟的建立不僅代表著儒家精神正式進入福爾摩沙島，也開啟台南府城的文化教育。

　　這裡的故事，因著孔廟的建立，變得多元、豐富、精彩。
　

　　當時各地方的孔子廟與地方學校的建築合併設置，此種「廟學合一」的建築通稱為「學宮」。學宮是學術與政治的精神中心，更是辦理教育行政及實際教育的重要場所。台南孔廟右側最早設立有「海東書院」，海東書院為清代首善書院，肩負教育重責。海東書院曾歷經三次搬遷，第一次搬遷從孔廟旁遷至「台灣縣舊縣署」（今赤崁樓一帶），時為乾隆十五年（西元1750年）；乾隆十七年（西元1752年），再度進行書院搬遷，遷至當時東安坊縣儒學旁；最後一次搬遷是在乾隆三十年（西元1765年），最後位址於當時的孔廟西崎下。海東書院的多次搬遷與改建，足以證明清政府對此書院的重視。