日本人於明治35年（西元1902年），徵收台南當地權貴人士吳家宅第，宜秋山館（今公十一停車場靠近永福路一帶），建造「北白川宮御遺跡所」，御遺跡所的建立是為了紀念一位日本親王，名為北白川宮能久。北白川宮能久親王為日本明治天皇之堂弟，當時奉命率領日本軍隊以武力接收台灣。台灣島上的人民不願接受日本政府的統治，展開全島大反抗，從北往南，日軍強勢的武力一步步地完成台灣島的接收。然而，這位北白川宮能久親王卻在戰役之中身亡，身亡前曾借住當時台南吳家的宜秋山館，因此日本政府後將吳家宅第徵收以興建御遺跡所。

　　大正九年（西元1920年）「御遺跡所」擴建為台南神社，於大正12年（西元1923年）竣工。爾後，日本人又逐步收購「御遺跡所」相鄰的全部土地，將台南神社再度擴建，其腹地之大，可分為內、外苑，內苑為台南神社之主體建築與參拜神道，外苑則設立台南神社附屬建築、庭園，以及樹林等。

　　擴建工程始於昭和10年（1935年），至昭和12年（1937年）竣工。內苑東自永福路西至忠義路，北自友愛街南至府前路，境內除有特殊日本社殿建築、參拜道、鳥居，大門口擺有一對精雕的石獅，及神殿前有一對青銅製造型奇特的銅獅，還有二隻雄馬，加上花崗石燈柱，內苑整體環境嚴肅優美。